Федеральное казенное учреждение «Дирекция государственного заказчика по реализации комплексных проектов развития транспортной инфраструктуры» является некоммерческой организацией, находится в ведении Министерства транспорта Российской Федерации в соответствии с распоряжением Правительства Российской Федерации от 31 декабря 2004 г. № 1752-р.